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Associé(e) de recherche Niveau 3 - Analyste en génomique

Société : CHU Sainte-Justine
Lieu : Gers (Occitanie)


Descriptif du poste

Société : CHU Sainte-Justine
Catégorie : Stage
Filiere : Fonctions Médicales & Sociales
Metier : Directeur d'Etablissement
Lieu : Gers (Occitanie)

Mission

Mission

Le Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine est à un stade de maturité, qui lui a permis, grâce à la recherche d’excellence qui s’y réalise à travers la programmation scientifique de haut niveau dans ses créneaux mère-enfant, de recevoir au cours de la dernière année, des dons majeurs qui seront transformationnels et ouvriront d’innombrables perspectives pour la recherche en santé des enfants. Le Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine réunit une équipe de plus de 1200 personnes, soit plus de 295 chercheuses et chercheurs, dont plus de 160 en recherche clinique et plus de 580 étudiantes et étudiants aux cycles supérieurs et stagiaires de recherche postdoctorale œuvrant dans des domaines d’expertise multiples. Travaillant étroitement avec les équipes de soins du CHU Sainte-Justine, cette communauté se dévoue à la recherche fondamentale, clinique et translationnelle au sein de six axes de recherche.

Le CHU Sainte-Justine viseà recruter un professionnel de recherche en génomique ayant une solideexpérience dans l’analyse et l’interprétation des données génomiques afin decompléter l’équipe qui pilote deux projets de recherche majeurs centrés sur ledéveloppement et l’évaluation de nouvelles modalités génomiques pourl’investigation des maladies génétiques rares.

Projet DÉCODE(U)R: Déploiement Concerté d’évaluations pour le Diagnostic demaladies rares Et Ultra Rares

Le CHU Sainte-Justine etl’Hospital for Sick Children (SickKids, Toronto) ont récemment mis sur pied unpartenariat de recherche qui vise à transformer les soins pédiatriques via ledéveloppement de nouveaux paradigmes en santé de précision. Ce partenariat sansprécédent dans l’histoire canadienne s’appuiera sur la création de synergiescentrées sur l’utilisation de technologies de pointe et le partage etl’exploitation de grands jeux de données. DÉCODE(U)R est l’un des projets de ce partenariat. Ce projet viseà évaluer l’utilité diagnostique de nouvelles modalités génomiques pourl’investigation de patients avec maladies rares chez qui le séquençage del’exome ou du génome entier n’a pas permis de poser un diagnostic moléculaire.

Projet PRAGMatIQ : Pratique RApide dela GénoMIque pédiATrIque au Québec

L’étude PRAGMatIQ qui viseà évaluer l’utilité diagnostique et clinique ainsi que l’impact économique duséquençage du génome entier sur le mode rapide chez des enfants hospitalisés enraison d’une suspicion de maladies rares. L’étude est financée par GénomeCanada, Génome Québec et par d’autres organismes et met en jeu la participationdes 4 centre hospitaliers universitaires pédiatriques du Québec (CHUSJ, CUSM,CHUS et CHUQ).

Le candidat retenurejoindra une équipe multidisciplinaire qui coordonne ces deux projets encollaboration avec les équipes des laboratoires de diagnostic moléculaire duRéseau de santé. Il s’agit d’une opportunité unique de mettre à profit sescompétences scientifiques pour l’avancement de la médecine génomique.

Tes défis

Le professionnel derecherche devra identifier, annoter et analyser des variants génétiques àpartir de données de génotypage et de séquençage (génome complet (courtelecture et longue lecture), ARN).

  • Travailler avec une équipe de médecins, scientifiques, conseillers en génétique, bio-informaticiens et coordonnateurs de recherche pour assurer l’analyse des données génomiques issues de divers projets de recherche ;
  • Analyser les données de séquençage du génome et du transcriptome. Les données à analyser proviendront en partie du séquençage de longue lecture du génome complet utilisant le système Revio de PacBio et le système Promethion d’Oxford Nanopore ;
  • Interpréter et classer les variants génomiques et les profils de méthylation détectés chez les patients en regard de leur pertinence pour les maladies humaines en mettant à profit différents ressources (outils de prédiction de l’impact fonctionnel des variants, bases de données internes et externes, etc);
  • Interpréter les profils transcriptomiques des patients de façon à valider les variants d’épissage et à mesurer le niveau d’expression de gènes candidats;
  • Conserver une documentation complète et précise des procédures et des données analysées et des preuves à l’appui, et présenter les résultats aux équipes d’étude ;
  • Développer et maintenir des bases de données;
  • Participer à l’élaboration, à la mise en œuvre et à l’évaluation des initiatives en cours et émergentes;
  • Participer à la formation d’étudiants;
  • Participer à l’élaboration de procédures opérationnelles, à l’évaluation de nouvelles technologies génomiques et aider à la rédaction des articles et publication des projets ;
  • S’assurer de la bonne marche de l’étude, du suivi du protocole et de la qualité des données.
  • Profil

    Tes acquis et talents

  • PhD en génétique moléculaire ou dans un domaine connexe, avec une expérience en analyse et interprétation de données génomiques;
  • Expertise en génomique clinique et/ou certification du Collège Canadien des Généticiens Médicaux (CCMG) considérée comme un atout;
  • Expérience en interprétation des variants génomiques et des lignes directrices relatives à l’interprétation des variants, et capacité à utiliser les bases de données, outils et ressources génomiques pertinents pour l’interprétation des données génomiques (par exemple, UCSC, gnomAD, DGV, ClinVar, DECIPHER, IGV) ;
  • Familiarité avec les technologies génomiques diagnostiques;
  • Capacité d’analyse critique et d’interprétation de la littérature médicale/scientifique ;
  • Proactif et capable de travailler de façon indépendante avec supervision minimale ;
  • Capacité de travailler en groupe sur plusieurs projets ;
  • Excellente gestion des priorités, rapidité d’exécution, sens de l’organisation et gestion du temps ;
  • Bonne compétence en communication orale et écrite.
  • Conditions d’emploi

  • Échelle salariale: Niveau 3 - entre 28.67$/hret 42.58$/hr
  • Chercheur responsable: Dr Jacques Michaud
  • Poste : Régulier à temps complet (35 heurespar semaine)
  • Date prévue d’entrée en fonction : Immédiate
  • L'affichage prend fin le 4 juillet

    Autres avantages

    1. Une conciliation travail et vie personnelle :

  • Plan de vacances avantageux
  • 13 jours fériés
  • 9,6 jours de maladie par année
  • Congé de maternité, de paternité et d’adoption
  • 2. Des avantages collectifs concurrentiels :
  • Régime de retraite à prestations déterminées (RREGOP)
  • Assurances collectives pour vous et votre famille
  • Programme d’aide aux employés et à leur famille
  • 3. Des établissements facilement accessibles
  • Station de métro Université-de-Montréal, lignes d’autobus et grands axes routiers à proximité
  • Abri à vélos sécurisé et stations BIXI à proximité
  • Située dans le quartier Côte-des-Neiges
  • 4. Des services sur place pour vous simplifier la vie:
  • Centre de la petite enfance Sainte-Justine
  • Nettoyeur et service de couture
  • Activités sportives
  • Service alimentaire qui encourage l’agriculture biologique et locale
  • Livraison de paniers de légumes biologiques
  • Remarques
    Le genre masculin est utilisé sans discrimination et dans le seul but d’alléger le texte. Le CHU Sainte-Justine souscrit au principe d'accès à l'égalité en emploi et invite les femmes, les membres des minorités visibles et des minorités ethniques, les personnes handicapées et les Autochtones à poser leur candidature. Nous vous serions gré de nous faire part de tout handicap qui nécessiterait un aménagement technique et physique adapté à votre situation lors du processus de sélection. Soyez assuré que nous traiterons cette information avec confidentialité.
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